L’Istituto nasce nel settembre 1973 a San Giovanni a Teduccio come sezione staccata dell'Istituto Magistrale Statale "Pasquale Villari" di Napoli. Divenuto autonomo con la denominazione provvisoria di “VII Istituto magistrale”, dagli anni ’80 prende il nome di Istituto Magistrale Statale "Don Lorenzo Milani". Il richiamo a questa grande figura vuole mettere in risalto l’impegno della scuola nel seguire i principi a base delle feconde intuizioni educative e del pensiero critico del priore di Barbiana: l’insegnamento come scelta di grande valenza umana, contrassegnata dall’interesse per i ragazzi e per le loro problematiche, la scuola come occasione di elevazione e di ascensore sociale, la lotta contro le ingiustizie sociali a favore dei diritti dei più deboli.
Nell'anno scolastico 1992-93, allineandosi alle nuove esigenze di formazione espresse a livello nazionale ed europeo con la richiesta di titoli quinquennali, l’Istituto attiva i corsi sperimentali di Liceo Socio-psico-pedagogico e di Indirizzo linguistico; nell' a.s. 1998-99, in concomitanza con l’esaurirsi dell’Istituto Magistrale, introduce il Liceo sperimentale delle Scienze sociali.
In seguito al riordino dei licei del 2008, l’offerta formativa dell’Istituto è stata rimodulata secondo le indicazioni introdotte dalla riforma, per cui gli indirizzi presenti nel piano di studi sono:
- Liceo Linguistico
- Liceo delle Scienze Umane
- Liceo delle scienze umane opzione Economico Sociale
- Liceo Artistico ( Architettura e Ambiente, Arti Figurative, Audiovisivo e Multimediale , Grafica)
- Liceo scientifico opzione Scienze applicate
È stato inoltre attivato, dall’anno scolastico 2017/18, il percorso di Secondo livello (già Corso Serale) del Liceo Artistico, per gli indirizzi di Architettura e Ambiente e Grafica, e, a partire dall’anno scolastico 2018/2019, l’attivazione del percorso di Secondo livello ( già Corso Serale) del Liceo delle Scienze Umane. Dall'anno scolastico 2022/2023, il percorso di secondo livello è attivo per una sola quinta classe .